Xenogears inicialmente se passa em Ignas, o maior continente do mundo Xenogears e o local de uma guerra de séculos entre as nações de Aveh e Kislev. Uma organização semelhante a uma igreja conhecida como Ethos escavou engrenagens, trajes de robôs gigantes, para a preservação da cultura do mundo.
Embora Kislev originalmente tivesse a vantagem na guerra, um misterioso exército conhecido como Gebler apareceu e começou a ajudar Aveh. Com a ajuda de Gebler, os militares Aveh recuperaram suas perdas e começaram a entrar no território de Kislev.
À medida que a história se desenrola, o cenário se amplia para abranger o mundo inteiro e os dois países flutuantes, Shevat e Solaris. Solaris, governado pelo imperador Caim e um coletivo de IA conhecido como Ministério Gazel, comanda o exército Gebler e o Ethos e secretamente usa ambos para dominar os habitantes da terra. Shevat foi o único país a escapar do con