После победы над Аидом у Меридиана Элой отправляется на поиски резервной копии Геи , чтобы та упорядочила деятельность своих подсистем и остановила природные катаклизмы, постепенно уничтожающие биосферу Земли. Элой вместе со своим другом Варлом в надежде найти копию Геи исследует базу «Дальнего зенита» — компании, специализировавшейся на колонизации других планет. Однако поиски оказываются напрасными, когда герои обнаруживают, что данная резервная копия была саботирована «Новым рассветом» — вместо неё была установлена подделка. Не имея больше никаких зацепок, Варл предлагает выследить Сайленса. Элой исследует Шпиль у Меридиана и узнает, что Сайленс похитил Аида. Сайленс связывается с Элой и предлагает ей найти его на Запретном Западе, где он готов поделиться ценными знаниями о том, что скрывал АИД.
Элой прибывает в Запретный Запад и обнаруживает, что местное племя Тенакт находятся в состоянии гражданской войны между вождем Хекарро , который выступает за мир с Карха, и лидером повстанцев Регаллой , которая хочет продолжить войну против них. Элой следует по пути Сайленса к испытательному полигону Латополис, где был создан Аид. У входа в комплекс Элой находит сильно повреждённого Аида и окончательно уничтожает его. Внутри комплекса девушка получает резервную копию Геи, в которой отсутствуют её подфункции, и решает полностью её восстановить. Однако, прежде чем она успевает уйти, на объект прибывает группа футуристически улучшенных сверхлюдей со своим собственным клоном Элизабет Собек по имени Бета ; клон нужен им, поскольку только Элизабет Собек, используя свой генетический профиль, может получить доступ к комплексу. Они получают вторую резервную копию Геи и посылают своего головореза Эрика убить Элой. Однако героине удаётся сбежать через затопленные водой области комплекса, где она едва не тонет из-за сильного течения. Варл находит Элой, прибитую течением к берегу снаружи комплекса, и относит её в поселение племени Утару. Через пару дней восстановившаяся Элой вместе с Отпевницей по имени Зо и Варлом отправляется в центр управления, где спряталась Минерва . Элой воссоединяет Минерву с Геей, после чего Гея обнаруживает местонахождения Эфира, Деметры и Посейдона (Дэниэл Донахью). Гея советует Элой сначала забрать их, прежде чем пытаться захватить Гефеста (Стивен Эштон Фрэнк), который значительно эволюционировал с тех пор, как стал самостоятельным. Гея также раскрывает происхождение сигнала истребления, который пробудил Аида. Сигнал был отправлен из звёздной системы Сириус. Элой предполагает, что он был послан футуристическими людьми, с которыми она столкнулась ранее в комплексе Аида. Она также делает вывод, что они являются потомками «Дальнего зенита» с космического корабля «Одиссея», которые бежали с Земли во время Чумы Фаро. Заключив сделку с Хекарро, Элой помогает ему в борьбе с повстанцами и восстанавливает Эфир. После этого Гея получает сигнал бедствия от Илифии, который Элой и её спутники отправляются исследовать. Обнаружив, что сигнал послала Бета, герои спасают её и доставляют на их базу. Там Бета объясняет, что «Дальний зенит» уже заполучил Илифию и Артемиду, а также что у них есть копия Аполлона. Но Бете удалось украсть их резервную копию Геи и сбежать. Далее она объясняет, что колонисты «Дальнего зенита» — это первые колонисты, бежавшие во время Чумы Фаро и сумевшие благодаря технологиям продления жизни добиться бессмертия. Их колония на Сириусе была уничтожена природным катаклизмом, поэтому зениты вернулись на Землю, создав во время своего путешествия Бету, чтобы с её помощью получить доступ к Гее, уничтожить жизнь на Земле и колонизировать планету заново. Элой находит Посейдона в руинах Лас-Вегаса и отправляется в Калифорнию на поиски Деметры. Там она встречает Квен — чужеземное племя из-за Тихого океана, которое отправило экспедицию для восстановления данных в надежде решить экологический кризис на своей родине. Элой помогает их Искателю по имени Альва получить данные, которые они ищут, и восстанавливает Деметру. Затем Гея разрабатывает план захвата Гефеста, но для этого требуется код доступа уровня «Омега» Теда Фаро. Элой направляется к руинам Сан-Франциско, чтобы найти бункер Фаро с помощью Квен и их лидера Директора , который поклоняется Фаро. Войдя в бункер, они обнаруживают, что Фаро сумел сохранить себе жизнь в течение последней тысячи лет с помощью генной терапии, но в результате мутировал в чудовище. Директор приказывает своим людям убить Фаро, но в результате его смерти запускается система защиты, которая разрушает бункер. Элой и Альве едва удается спастись, в то время как Директор погибает под статуей Фаро. Получив допуск Омега, Элой переносит Гею в котёл «Близнецы», чтобы заманить Гефеста в ловушку. После захвата Гефеста в котёл прибывает лидер «Дальнего Зенита» Джерард с Эриком и Тильдой . Эрик убивает Варла и пленяет Бету, в то время как Джерард похищает Гею; Тильда неожиданно спасает Элой от уничтожения.